BRAINCITY stanowi wydzieloną jednostkę Instytutu Nenckiego, nadzorowaną przez Międzynarodowy Komitet Naukowy (MKN), powołany wspólną decyzją Dyrektora Generalnego EMBL i Dyrektora Instytutu Nenckiego i kierowany przez C. Grossa z EMBL. MKN przeprowadza konkursy na stanowiska kierowników grup badawczych i nadzoruje postępy naukowe BRAINCITY.

Obecnie BRAINCITY tworzy pięć zespołów badawczych (L. Kaczmarka, E. Knapskiej. A. Jawaida, J. Kamińskiego i A. Beroun), zajmujących się różnymi aspektami plastyczności neuronalnej. Zjawisko to, polegające na reorganizacji sieci połączeń nerwowych, jest podłożem procesów rozwojowych mózgu, uczenia się i pamięci, czy też odnowy funkcji po uszkodzeniu. Z drugiej strony, w formie patologicznej, sprzyja rozwojowi najpoważniejszych schorzeń, takich jak uzależnienia, schizofrenia, czy też zaburzenia ze spektrum autyzmu. Zespół L. Kaczmarka odkrył zjawisko pobudzonej aktywności genów w plastyczności neuronalnej oraz udział zewnątrzkomórkowej proteazy, MMP-9 (metaloproteinazy macierzowej), w plastyczności synaptycznej w takich procesach, jak uczenie się i pamięć, rozwój padaczki, schizofrenia, czy też uzależnienie od alkoholu; nowym kierunkiem tych badań jest chęć wyjaśnienia roli MMP-9 i procesów zapalnych w wymienionych chorobach; badania zespołu E. Knapskiej mają na celu określenie neuronalnego i molekularnego podłoża kontaktów społecznych, których upośledzenie jest np. zasadniczym składnikiem zaburzeń ze spektrum autyzmu; A. Jawaid bada wpływ środowiska (np. traumy psychospołecznej, czy też diety) na rozwój chorób neurodegeneracyjnych i psychicznych, a także możliwość międzypokoleniowego przenoszenia negatywnych wpływów psychospołecznych; J. Kamiński prowadzi badania nad neuronalnymi mechanizmami pamięci przy pomocy techniki rejestracji aktywności komórek nerwowych wewnątrz mózgu człowieka; A. Beroun koncentruje się nad komórkowym i molekularnym podłożem uzależnienia od alkoholu lub kokainy, skupiając się zwłaszcza na tzw. cichych synapsach.